Где взять доки по gjs?

Ха-ха-ха. Эти, извините, придурки (по другому их не назовешь) не сделали документации. Они специально сделали gtk-шные и clutter-ные биндинги к джаваскрипту мотивируя тем, что этот язык знает много людей и он простой, но не написали даже краткой документации. Просто слов нет...

примеры, тесты, исходники. какая документация тебе нужна на биндинги?

Reference manual, API.

На самом деле сейчас я просто хочу сделать, чтобы в стеке окон позиция у шелл-панели была ниже, но как я понял её позиция прибита гвоздями к шеллу и маттеру.

так и смотри их для того что забинжено.