Допустим есть директории /directory1/directory2/directory3/ и /directory4/ и в ней ссылка на directory2, т.е. путь будет такой: /directory4/link_to_directory2/directory3/
В directory3 есть makefile, в нём с помощью SOURCES = подключен файл includes.h, находящийся в этой же папке, с помощью которого инклудится файл, находящийся в directory4: #include "../../myfile"
Делаю make из /directory4/link_to_directory2/directory3/ но #include игнорирует ссылки (как команда pwd -P), в результате попадаем в directory1 вместо directory4.
Полный путь в инклудах задать не могу, т.к. не известно, где будет распологаться директории и как они будут называться.
Что-нибудь типа $(shell pwd) в includes.h не работает, т.к. это уже не makefile.