как это объяснить?

Try "(1 == 1) is True"

Просто оператор is имеет более высокий приоритет, чем другие два оператора сравнения, поэтому в первом случае

1 == (1 is True)
False, поскольку 1 и True - разные _объекты_,

а во втором

1 != (1 is True)
тоже False, поскольку 1 как раз == True.