babel, avogadro, gabedit, pymol

и что тебе за «нано» то вообще надо?

можно еще caDNAno да и вообще вагон их

и вообще, что за глупое задание, да еще в универе, построить молекулу в 3д?

может, все-таки, что-то посчитать?

нет

Именно построить или смоделировать. Задание...гмм такой вот универ. Если кратко, то такое образование скорее отпугивает от учебы. Поэтому работаю :) нефиг учиться.

спасибо за помощь

Пошел строить и смотреть.

Это пять...

Так построить или смоделировать? И если смоделировать, то на каком уровне? Просто крутящуюся конструкцию из шариков и палочек, или в рамках квантовой химии, приближение Хартри-Фока, или сразу многоэлектронного нестационарного Шредингера?;-)

И какую молекулу то?

столько вопросов

Думаю достаточно будет конструкции из шариков и палочек. Квантовая химия и приближение Хартри-Фока скорее мимо этого универа прошли...многоэлектронного нестанционарного Шрендингера? Хмм, какой преподаватель такой и ученик. Считайте я все это впервые сейчас от вас услышал. Делайте выводы об образовании =)))...

Молекулу абсолютно любую. Думается самого простого варианта будет вполне достаточно.

А на фига вообще учишься? Ради корочки, что ли? Не стыдно?

Ради корочки, что ли?

ты так говоришь, будто кто-то делает иначе

Так смоделировать или нарисовать?

Смоделировать - это описать взаимное расположение и движение атомов молекулы. В простейшем случае атомы - шарики, связи между ними - пружинки, гуглите «молекулярная динамика», «метод Верле». К нанотехнологиям имеет отношение моделирование множества молекул упорядоченных определенным образом, например т.н. молек. мотор.

Нарисовать - это имеет отношение к визуализации. В простейшем случае это делается в гнуплоте, если хочется красоты то есть туча инструментов... но это не нанотехнологии ниразу;-)

Для простоты возьмите молекулу воды.

ты так говоришь, будто кто-то делает иначе

Есть такие люди.

Подозреваю, что ТСу просто нужно нарисовать красивые разноцветные шарики. Для этого и блендера хватит. Ну, а если специальность близка к программированию, то OpenGL.

А «моделировать» с его познаниями, я так понимаю, он сможет разве что классическое приближение (молекула - абсолютно упругий шарик).

XCrySDen, но только там нужно либо самому готовить входной файл, либо использовать выходные файлы других программ, выполняющих первопринципные расчеты.

> Если еще подскажете как и на Windows
умеет с использованием cygwin

www.linux.org.ru/wiki/en/LOR-FAQ-Scientific

Подозреваю, что ТСу просто нужно нарисовать красивые разноцветные шарики.

А вдруг в его вузе студенты вовсю моделируют графен O_O?;-)

Или вдруг они там пытаются понять работу молекулярного двигателя на наноуровне и увеличить его КПД?

«Молекулярный двигатель работает на воздухе, имеет завихритель на валу электродвигатель-генератор тока, выполненный в виде шнека с неравномерным по длине шагом его винтовой линии и набранный из камертонов. Для запуска молекулярного двигателя включаем электродвигатель, который раскручивает шнек завихрителя до 2000 оборотов в минуту, после чего при прохождении через завихритель воздух нагревается и его тепловое расширение создает крутящий момент больше, чем крутящий момент на валу электродвигателя, и это заставляет электродвигатель работать в режиме генератора тока. Молекулярный двигатель после его запуска через этот генератор тока подает электроэнергию в сеть или непосредственно на какой-либо электроприбор. Такой большой нагрев воздуха проиходит потому что неравномерность шага винтовой линии шнека и вибрации камертонов создают пневмоудары в потоке воздуха, проходящего через шнек, на молекулярном уровне при таких условиях воздух получает энергию от полей, например, торсионных, которые компенсирую понижение своего энергетического уровня за счет энергии мирового пространства.»

http://moiidei.com/tehnika-oborudovanie/molekulyarnyiy-dvigatel.html

Аффтары патенты получили... а чиновники лоббирующие интересы энергетиков небось не дают инновационной разработке воплотится в жизнь!;-)

«В руках у автора молекулярный двигатель мощностью 5 Киловатт при 50000 оборотах в минуту.

В России создан молекулярный двигатель, работающий без сжигания топлива с КПД, в два раза превышающем КПД двигателей внутреннего сгорания и КПД двигателя Стирлинга. Решена главная экологическая проблема. У двигателя нет выхлопных газов, он не уничтожает кислород, и у него нет никаких химических окислительных процессов, свойственных всем известным двигателям, работающим на жидком, газообразном или твердом топливе. Испытания нового двигателя показали, что заданную нагрузку он держит, не снижая оборотов.

По своей конструктивной простоте новый двигатель превосходит все известные науке двигатели, а по надежности превосходит самые знаменитые газовые турбины. Двигатель состоит всего из трех основных деталей: статора, ротора и вихревой камеры. Возможно, новый двигатель не имеет аналогов в мировой практике. Даже все изготовители были удивлены, испытывая новой двигатель на стенде. Его нельзя было запустить от сжатого воздуха давлением в 1 атм. (Примечание редакции: авторы используют понятие «давление» опуская слова «более 1 атм», то есть «1 атм давления» для них – это 2 атм). От такого давления ротор развивал сверхвысокие обороты и мгновенно рассыпались подшипники. Тогда установили подшипники, выдерживающие 50 000 об/мин. Но картина повторилась. Пришла идея уменьшить давление воздуха в 10 раз. Попробовали и были вновь удивлены. Все присутствующие на испытаниях увидели, что новый двигатель при давлении воздуха в 0,01 атм увеличил обороты до 21000 об/мин.

Повысив давление воздуха до 0,09 атм получили 50000 об/мин. Полученные обороты двигателя и огромный крутящий момент, через понижающий редуктор на валу отбора мощности, обеспечивают устойчивую работу с нагрузкой Предварительные расчеты показали, что для автономного режима работы нового двигателя потребуется до 30% вырабатываемой энергии, чтобы рекуперировать энергию на систему, обеспечивающую воздушный поток. Но практика внесла еще раз свои коррективы. Когда был изготовлен двигатель в натуральную величину с генератором, то для рекуперации энергии потребовалось не 30%, а только 15%, что значительно повысило КПД молекулярного двигателя.»

http://divograd.com/content/молекулярный-двигатель-и-вихревой-генратор-потапо...

Вообще конечно тема для толксов, сорри за оффтопик... но я не удержался (просто рыдал), уж больно жизненно в свете «моделирования молекл для нанотехнологий»;-)

РосПил + оНаноТехнологии ☺

Когда нанопищу можно будет полноценно скачивать через Сеть, вот тогда и настанет совершенная свобода от всяких ограничений навроде голода. И когда можно будет вырастить себе наножилище.

pymol имхо самый православный