А при каких условия read не прочитает данных с последовательного порта если select вернул что данные есть????

EOF

как ни странно если их было столько запрошено. тоесть internal program error

А разве с ком-порта можно получить EOF????

Я бы посмотрел что вернул read, а потом можно сделать вывод