В системе должны быть установлены(кроме самой CUDA) библиотеки GLEW(libglew1.6-dev), GLUT(freeglut3-dev). Половина примеров от SDK от них зависит.
Чтобы скомпилировать что-либо из SDK — достаточно переместить скрипты в директорию примера. Отредактировать файл CMakeLists.txt, поменяв там переменные HEADERS, C_COURCES, CU_SOURCES;
выполнить стандартные команды для компиляции проекта CMake:
mkdir build && cd build && cmake .. && make.
Все примеры SDK зависят от его библиотек. Нужно скомпилировать и сам SDK:
cd $HOME/NVIDIA_GPU_Computing_SDK
make
И даже если оно вылетит с ошибкой — не страшно, нужные библиотеки libcutil и librendercheck будут скомпилированы.
По поводу IDE: это уже второсортный вопрос, что-нибудь для редакции C/C++ кода.
Это только в 5й CUDA, её можно стянуть после процедуры регистрации(что в принципе не есть проблемой).
Можно и отдельно Nsight для 4й скачать .. опять-такий после процедурки, но не факт, что вам выдадут ссылку, они там проверяют что вы повписывали в текстовые поля вопросов.