Почему бы не прописать NOPASSWD для второй программы?

В man sudo об этом написано.

man sudo

Это огромная дыра в безопасности же!

Короче говоря, надо автоматом подставить пароль рута когда sudo его попросит.

Это криво и небезопасно.

Лучше укажи NOPASSWD для конкретного приложения и конкретного пользователя в sudoers.

Например:

user ALL = NOPASSWD: /bin/yourbinary

можно узнать, как выполнить от рута в скрипте это:

echo DIS > /sys/kernel/debug/vgaswitcheroo/switch

тут как бы не совсем конкретное приложение

Можно завернуть эту команду в отдельный скрипт, прописать для него NOPASSWD, а затем в другом скрипте, когда будет нужно, исполнить первый.

вот так

echo DIS | sudo tee /sys/kernel/debug/vgaswitcheroo/switch