Сохранить выхлоп в CTRL C/V

В смысле как плейнтекст? В любом случае в иксах нет буфера. Есть выделения. Работать с ними так: говоришь, что ты теперь owner выделения (PRIMARY, CLIPBOARD или оба), дальше ловишь эвенты SelectionRequest и скармливаешь своё содержимое переменной тому, кто этот SelectionRequest сделал.

http://coffeeghost.net/2010/10/09/pyperclip-a-cross-platform-clipboard-module...

Да, абузить внешние тулзы вроде xclip или xsel — тоже вариант. Они останутся висеть в фоне, ловить события и собственно предоставлять выделение.

То что надо.