1. Дополнительные коммиты засоряют историю.
2. Если сделать update на ревизию где нет какого либо тега или самого файла .hgtags то список тегов все же доступен, странно, какой смысл в коммитах тогда? Хотя если было бы иначе, то тоже было бы странно.
3. Не проверял, но возникают вопросы, что будет при слиянии веток с разными .hgtags?