1) поделитесь опытом использования. На небольшой программе никакого увеличения скорости загрузки и работы не заметил. А у вас? Укажите размер проекта и с чем линкуется.
2) Qt с этим флагом на винде до сих пор не собирается с gcc 4.8.1. Имеет ли смысл компилировать Qt с -flto, кто тестировал скорость конечных программ?