Для того, чтобы разобраться с проблемой, нужно точно знать какой код соответствует бинарнику. В оффтопике MSI файлы содержат номер версии. А в JAR и WAR файлах такого нет. Ее можно запихать в манифест, но нужно знать тэг SVN в момент создания jar файла.
Как назначаете и отслеживаете версии jar файлов, которые переданы в эксплуатацию? Когда код получает тэг в SVN?
Поделитесь, пожалуйста, опытом.