Какой-то баг. Короче git clone копирует почему-то только сами данные, а .git в директории нет. Например ядро с того же гитхаба.
arch linux
[~] >> yaourt -Qs '^git$'
extra/git 1.8.3.2-1
the fast distributed version control system
Linux unreal 3.10.0-1-ck #1 SMP PREEMPT Wed Jul 10 17:35:06 EDT 2013 x86_64 GNU/Linux
WTF?!
Появилось недавно, скорее всего сегодня. То есть репа как таковая отсутствует. Обычно такое поведение должно быть у git archive, а не git clone