Сохранение сериализованных в xml объектов

посмотри на commons-config (http://commons.apache.org/proper/commons-configuration/)

Посмотри java.util.Properties. Если не понравится — значит своё.

Насколько я помню, java.util.Properties не умеют платформонезависимо сохранить конфиг, как это делают Preferences?

Оно сохраняет в обычный текстовый файл. В идеале да, для разных платформ надо использовать разные имена и пути файлов. В реальности многие программы этим не заморачиваются и кидают все в домашнюю директорию.