Проблема в том, что Perl использует почему-то sh, а как указать на необходимость использования другой оболочки - непонятно.
Нужно выполнить вот такой код:
$ENV{"PERL5SHELL"}="bash"
system("source ~grib/bin/grib-scriptset/point_forecast_hashes_extended.def; source /opt/scripts/functions/perl.inc; PerlDcl_Hash LBL2MP");