Надо открывать окошки из яваскрипта по window.open. Для этого сделал
this->ui->webWindow->settings()->setAttribute(QWebSettings::JavascriptCanOpenWindows, true);
QWebViewEx * QWebViewEx::createWindow(QWebPage::WebWindowType type)
{
return new QWebViewEx();
}
Окошко, открывается, например такое
window.open('http://google.com', 'Google', 'height=200,width=200');