Стоит Debian Squeeze. Поставил последнюю (не из репо) версию tremulous-server. Прописал настройки в server.cfg
Суть проблемы: при старте через скрипт init.d сервер игнорирует некоторые директивы из server.cfg (в частности g_mapconfigs, g_alienbuildpoints и т.д.). При этом те же директивы, передаваемые напрямую через консоль, отрабатывают нормально.