Как сделать, чтобы при запуске игры N Wine переводил экран в разрешение 640x480?

Попробовать указать параметр Desktop.

Но это дурь. Проще в игре 640x480 выставить. Иначе глюки полезут - не влезет там часть экрана или еще чего.

man xrandr

xrandr -s {чего надо}

wine {твоя прога}

xrandr -s 0