Создаёте архив текущей системы и распаковываете его на подготовленную файловую систему, дальше правка /etc/fstab, если нужно, chroot и установка загрузчика.
При создании архива средствами tar указывайте ключ '-p' для сохранения прав, а посредством ключа '-X' указываете файл с исключениями файлов и директорий, в особенности тех, куда может идти запись, логи, директории со временными файлами, файл с архивом.
имхо, если диски идентичные, то лучше скопировать разметку диска при помощи sfdisk, потом примонтировать разделы и rsync'ом скопировать данные. Тем паче, что и у cp и у rsync есть ключи, не позволяющие выходить за пределы одной фс, то есть /dev, /sys, /proc, /var/run/ и прочее подобное копироваться не будет.