Прозрачное шифрование только некоторых файлов

ИМХО это деление на ноль. Существование такой ФС противоречит unix way, потому-что шифровать должна одна утилита, а ФС — совсем другая тема.

В принципе, к vim'у можно приделать костыль для открытия(и закрытия) gpg файлов в /tmp/, это не сложно. Если шифрование асимметричное, то пассфразу придётся вбивать только один раз, при открытии файла (потом она не нужна, если вы конечно не хотите подписывать).

А про комодо и гномекомандер я просто не в курсе, извините.

А при чем тут ФС? Я как раз хотел бы получить именно утилиту, которая бы это делала. Я знаю что можно запилить какой-нибудь скрипт который будет именно так и работать - выдергивать файлы в оперативу, рассшифровывать их, а приложениям подсовывать уже рассшифрованные данные. Но скорее всего это будет попросу приводить к постоянным потерям этих данных и конфликтам. Вот думаю может есть решение где все это удачно разрешено.

Тебе нужен EncFS.

/thread

Неплохо. Похоже именно это мне и нужно. Есть опыт использования? Как со стабильностью?

А при чем тут ФС? Я как раз хотел бы получить именно утилиту, которая бы это делала.

я непонятно объяснил, почему это невозможно именно утилитой?

Я знаю что можно запилить какой-нибудь скрипт который будет именно так и работать

скрипт/утилита — не имеет значения.

Тебе нужен EncFS.

угу. Можно и такой комбайн на костылях.

Когда-то использовал для синхронизации Dropbox, все работало.

Буквально месяц назад был проведен security audit, нашли изъяны в реализации, касающиеся некорректного использования криптопримитивов. В обсуждении на reddit рекомендуют использовать eCryptFS или dm-crypt+luks. Я их не использовал, вот сравнение на арчевики.