make не принимает изменения в файле

Копай в сторону перехода на latexmk. Гораздо удобнее самодельных Makefile'ов.

Я не весь пост прочел, прошу прощения. Зачем ты используешь и make, и latexmk? Одного второго достаточно для всех нужд, для него собственный файл создается - latexmkrc.

Собственно, makefile у меня не более чем обёртка над latexmk, который, как я только что понял, и не подхватывает изменения в body.tex

как я только что понял, и не подхватывает изменения в body.tex

Как я только что понял, ты создаешь сперва PDF. Логично предположить, что latexmk сравнивает даты файлов, и если PDF создан позже, то все ОК. О чем он радостно и сообщает:

Latexmk: All targets (main.pdf) are up-to-date

Зачем ты используешь и make, и latexmk?

latexmk - для того, чтобы само собирало нужное число раз, для выставления нумерации рисунков, формул и литературы;

make - для задания целей clean и view.

Судя по выводу, make все правильно понимает и вызывает latexmk, а тупит как раз он. Попробуй удалять main.pdf перед сборкой, чтобы заставить latexmk его пересобирать.

main.pdf: main.tex head.tex ./src/title.tex ./src/body.tex
     rm main.pdf
     latexmk -pdf main.tex

Запустил первый раз «make» -> pdf;

Внёс изменения в tex-файл.

Запустил второй раз «make» -> pdf файл автоматически пересобирается, если изменения были в tex-файлах.

Но, за исключением body.tex. При наличии изменений в нём, pdf пересобираться не желает.

Итоги. Тупит, действительно latexmk. Диагноз по гуглу «latexmk all targets are up to date». Обсуждение можно найти здесь и здесь.

Решений два:

• The solution is to delete the pdf before re-compiling the second time.
• if you want it to recompile everything you hit 'compile' then make sure to pass the -g option to latexmk in you configuration