Вопрос по созданию шаблона виртуальной машины в qcow2

3)Как тогда работают всякие ”облачные” хостинги, которые явно раскатывают тебе ОС из шаблона весом не 100GB..

Скорее всего, там используется LVM. Предположим, что есть некоторый LVM том, на котором находится базовая копия (шаблон) некоторой операционной системы.
Клиент запросил создать виртуальный серврер с этой ОС с диском определённого размера. В ответ на этого производится клонирование LVM тома с базовой копией системы, затем увеличивается его размер до требуемого размера диска, после чего файловая система «растягивается» на новую величину разделов.
В LVM томе может находиться не файловая система, а образ диска, т.е. в LVM томе создана таблица разделов и он «порезан» на разделы, тогда действие несколько сложнее, включает в себя ещё и изменение таблицы разделов, а затем уже «растягиваются» файловые системы на разделах, но это уже нюансы.

2)Каким образом создать шаблон со своей настроенной определенным образом ОС в формате qcow2, чтобы его размер был самым минимальным, а не 50Gb или 100Gb

Ставишь систему, затем создаёшь новый образ, на образе подготавливаешь разделы и файловые системы, затем монтируешь образ с установленной системой, монтируешь разделы в новом образе и копируешь файлы на новый целевой образ, в итоге размер нового образа будет равен размеру файлов.

1) ... Совсем не ясно, как задавать желаемый размер диска , если для одной инсталляции он 50GB а для другой это 200GB.

Посмотри документацию по утилите создания образов дисков из состава qemu, там должна быть опцию для изменения размеров образа.