Как проверить все системные файлы debian по контрольным суммам в пакетах?

Нечего больше дополнить ;)

debsums?

(cd /; for f in /var/lib/dpkg/info/*.md5sums; do md5sum -c $f; done)

Плюсую этого господина. Debsums наше все:

# sudo debsums (покажет каждый установленный из пакетов файл кроме конфигов)

--all (покажет все плюс конфиги)
--config (только конфиги)
--changed (покажет измененные файлы)

Действует, естественно, только для пакетов, установленных из оф. реп. Сторонних пакетов там не будет.

Еще как вариант взять исошник, с которого ставил систему и сравнить файловые системы. Надеюсь, загуглишь сам, как это сделать.