Как вы собираете Atom? Возможно делаете себе пакеты?
Вопрос такой: вы сначала отдельно бутстрапите и собираете atom-shell, а уже после этого собираете сам atom, при этом редактируя конфигурацию атома в том месте, где он у него task скачать atom-shell?
Проблема-то в чем, если просто собрать Atom по инструкции, то те файлы, которые должны быть исполняемыми (при правильной сборке atom-shell), например libffmpegsumo.so и libchromiumcontent.so в /usr/share/atom/ — являются не исполняемыми, что (скорее всего) влечет за собой проблемы, типа не сохранения стейта редактора после закрытия и т.п.
Кто собирает атом вручную, есть истории успеха?