owncloud и ссылки

Реврайт же.

RewriteRule ^(.*)$ index.php?$1 [QSA,L] для apache,

location / {
    try_files $uri $uri/ /index.php?/$request_uri;
}

Это со стороны сервера, а сам owncloud еще в процессе, как Я понял из этого. Но все равно спасибо :)