emacs раньше открывал всякие служебные буфферы, вроде magit-status, в новых окнах, а теперь создает для них новый, отдельный фрейм.
В конфиге присутствует данная строчка (setq pop-up-frames -1)
Но это не помогает. В итоге для *Completion* и подобного открывается новое иксовое окно. Это раздражает.
