Какая разница?
А по сабжу, тебе не нужно *.bin устанавливать- ведь это архив в который распакуется при запуске *.exeшника, положи этот .bin в папку с тем эксешником и запусти эксешник.
скорее всего wine потом будет искать Setup.bin в том каталоге, откуда его запустили. Поэтому сначала надо cd в каталог с Setup.exe и Setup.bin, а потом запускать wine Setup.exe