GUI для Conky

Ты когда конфиг сохраняешь он сразу применяется.

Слава богу, нет.

Нет такого. И, как jori правильно сказал, сохранение конфига тут же отражается на conky без перезапуска.

Помнится был какой-то французский форк xubuntu со свистелками и самописным подобием гуя для настройки их шаблона к конькам, может у них есть ppa, поищи.

Лучше правь ручками.

А зачем? GUI не способен реализовать всю мощь коньков, потому что конфиг - фактически программа, которая частично написана в декларативном стиле, но могут быть и императивные вставки.