Конечно, portage через git и eix — мегаудобные фичи для генты. Но для обновления базы eix нужно выполнять metadata-transfer. Делал всё по фен-шую. Плюс еще
$ cat /etc/eix-sync.conf
# Regenerate overlay metadata
@StatusInfo layman: regenerating metadata
@emerge --regen --quiet
# Fetch the database of remote overlays.
# eix-sync run `eix-sync add` by default.
@StatusInfo Downloading remote
@eix-remote fetch
emerge --regen --quiet
генерирует весь кеш заново. Это долго и неприятно, как по-другому?