В случае с msys2, при запуске шелла происходит вход пользователя в систему, запуск шелла и выполняется содержимое /etc/profile, где собственно в PATH добавляются нужные пути. Что ты там используешь я не знаю, но предполагаю, что причина похожая.

Решено

Приношу свои извинения за столь бесполезную тему созданною мной.

Проблема решилась, как и в 99.999999% процентах проблем на windows, с помощью применения метода, угадайте какого))) перезагрузки windows!

Однако благодарю за ответ, он немного расширил мое понимание консоли, echo $PATH вывело те пути в которых располагаются бинарники. При загрузке консоли, как я понял из вашего ответа, должен выполнятся скрипт C:\Program Files\Git\etc\profile, в нем есть строчка PATH=«${MINGW_MOUNT_POINT}/bin:${MSYS2_PATH}:${PATH}». Не знаю какая из этих переменных является системной переменной «Path» windows, но не суть.

Остается догадываться почему до перезагрузки необходимый путь в PATH появлялся в зависимости от метода запуска консоли.

%PATH%

sublime text 3 возможно был запущен до того как меняли системную переменную PATH, в общем вариантов много...

ну да, в винде переменные окружения меняются только когда делаешь logout/login или перезагрузку

бред в чистом виде. Переменная path обновляется при перезапуске приложения которое её использует