Просто пустая пустая строка в конце файла. В Atom'e это делается по умолчанию - там даже галочка специальная есть - Ensure single trailing newline. - Пустая строка в конце файла - это стандарт git и вообще, emacs это должен делать по умолчанию.
Только что запустил Emacs с чистым конфигом, там по умолчанию те же значения, что и у тебя, и всё работает.
Ты точно уверен, что перевод строки не добавляется? Можно визуально проверить так: M-x whitespace-mode + сохраняешь файл, после этого в конце последней строки должен быть виден символ '$'.
Можно попробовать отдебажить basic-save-buffer, в должен добавляться перевод строки в зависимости от require-final-newline (files.el.gz, строка 4691 у меня).