Synaptic в Ubuntu 16.04

Synaptic, насколько я помню никогда не делал hold, «Lock version» сделанный в synaptic работатет, только если ты через него и обновляешь.
А вот баг с дубликатами пакетов, действительно появился.
Если тебе нужен универсальный подход делай pinning.
Вообще изменения в последнем synaptic, это в основном только переименования старых классов Gtk на новые и поддержка нового vte.

У меня корректно работает на нескольких машинах.