Как получить абсолютный путь?

pwd

realpath, если доступен.

readlink -f ./file

В случае с симлинками выводит путь до реального файла.

Как из относительного пути получить абсолютный путь файла?

Этого лучше не делать. Потому что в будущем возможно твой парсер не сможет корректно обработать абсолютный путь.