Как удалить зависимость?

Pantheon, скорее всего, метапакет. Можно его пересобрать и удалить из Depend браузер. Можно попробовать сделать

aptitude hold pantheon

Наверное как-то так:

$ cat /etc/apt/preferences
Package: PACKAGE_NAME
Pin: version *
Pin-Priority: -100

Сделать пакет-пустышку. Или руками удалять зависимость у метапакета в локальном репозитории. А ещё можно ставить не метапакет, а просто нужные зависимости, руками (или как там у вас в apt).

cat: Нет такого файла или каталога

Но за то есть папка preferences.d, но она пустая.

Проще наверное установить Gnome Shell и собрать свой pantheon ибо они не очень то и отличаются...

Тем более когда нормальный рабочий стол в гноме можно себе обеспечить, а в pantheon нельзя.

Проще использовать пакетный менеджер, в котором нет такой фигни с зависимостями.

Это какой?

Скорее всего pantheon является метапакетом, так что можешь сносить его смело.

Конечно, может дело не только в ПМ, но и в мейнтейнерах

Это какой?

pacman, например.

А ведь в Debian можно поставить сторонний пакетный менеджер вместо apt, я правильно понимаю?

Удаляйте мета-пакет - он ни на что не влияет.

Пробую уже...

Графическая оболочка умерла. Ставлю Gnome теперь...

Так сильно мешал midori, что ты отказался от pantheon.

Ну меня ещё бесило, что нету папок на рабочем столе. Такая проблема в Gnome решается нажатием 3-ех кнопок, а в pantheon нормального решения я что-то не нашел. Так же я сделал вывод, что pantheon это красивый и кастрированный Gnome Shell.

Не знаю, лучше не эксперементировать так.

Отключи установку recommends и suggests.