Как решить проблему с кирилицей?

с составными буквами ё и й

Это ты ещё до буквы «я» не добрался, которая как служебный символ распознаётся у ряда серверов. Тебе нужен фтп-сервер с нормальной поддержкой кириллицы. Я когда-то давно для решения этой проблемы использовал, кажется, vsFTPd, который как-то настраивался дополнительно для этого, но точнее уже не помню.

а как текущую ситуацию то исправить?

Заливай файлы по протоколу sftp (ssh)..

не знаю :(

OBNOVILSYA BEZ PROBLEM

А по сабжу ничего не знаю;(

Как вы умудряетесь в 21 веке огрести проблемы с кириллицей?

mike@pet ~ $ lftp 10.1.2.1
lftp 10.1.2.1:~> ls
-rw-r--r-- 1 0 0 0 Jul 03 16:29 АБВГДЕЁЖЗИЙКЛМНОПРСТУФХЦЧШЩЪЫЬЭЮЯ.txt
-rw-r--r-- 1 0 0 0 Jul 03 16:29 абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщъыьэюя.txt
lftp 10.1.2.1:/> get АБВГДЕЁЖЗИЙКЛМНОПРСТУФХЦЧШЩЪЫЬЭЮЯ.txt
lftp 10.1.2.1:/> get абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщъыьэюя.txt
lftp 10.1.2.1:/> quit
mike@pet ~ $ ls
Desktop Downloads servo абвгдеёжзийклмнопрстуфхцчшщъыьэюя.txt АБВГДЕЁЖЗИЙКЛМНОПРСТУФХЦЧШЩЪЫЬЭЮЯ.txt

Сервер vsftpd-3.0.2-11.el7_2.x86_64
Клиент net-ftp/lftp (~)4.7.2-r1
С оботбражением шрифтов в браузере и консольке проблем тоже нет.

Чем и откуда заливал? С винды небось какой-нибудь кривой проприетарщиной? Или любитель кои-8?

составными буквами ё и й

В русском языке, кодировке (utf-8) и шрифтах эти буквы являются отдельными, полноценными и самостоятельными, а не составными. Поставь нормальный сервер и клиент, а также нормальную файловую систему.

И надеюсь программа которая даёт имена этим файлам именует их нормальными буквами Ё и Й, а не Е и И с соответствующими диакритическими знаками ̆ ̈.

Переименуй вручную напечатав символы й ё с клавиатуры и проверь.