На гитхабе субмодули можно вместе с основной репой клонировать так:
git clone --recursive репа
пытаюсь склонировать dev ветку taskwarrior вместе с субмодулем (или модулем, не в курсе как это правильнее называется) libshared, оно лежит в директории src, но как обычно склонировать — не работает: