САБЖ! Вроде бы, все очевидно: в случае судо ты запускаешь от рута только часть комманд. Но ведь нично не мешает запихнуть в вредительский скрипт что-то вроде "sudo rm -rf /" ? В чем же тогда разница?(вопрос запуска только 2-х прог без пароля через него не рассматриваеться) Защита от тривиальных ошибок(rm / home/user/file) юзера?
P.S. Просьба отвечать только тем, кто действительно понимает, о чем речь.