Установка приложений в debian

не появляются приложения в списке приложений

Что такое список пакетов?

Смотри:

dpkg -l

сделал так sudo dpkg -l|grep 'chrome' он нашел пакет google-chrome-stable

Поздравляю, что ещё не устраивает?

как запустить chrome

Из меню, ну либо из командной строки указав название бинарника, посмотри список файлов в пакете:

dpkg -L google-chrome-stable

пишет пакет google-chrome-stable не содержит файлов

Ну значит ты что-то нахимичил.

ладно я пишу dpkg -L skype он мне выводит /etc /etc/dbus-1 /etc/dbus-1/system.d /etc/dbus-1/system.d/skype.conf

Точно должно быть больше.

только это

Чего-то недоговариваешь. Как устанавливал систему? Какие репы подключены? Что собирал руками(и зачем)? Как устанавливал хром со скайпом(почему не из реп)? А то у меня сегодня телепатия сломалась, не могу сам вычислить.

Из-за того, что KDE, GNOME3 и Mate(GNOME2) имеют разные системы меню, порой ярлык/запись оказывается в том|, для чего в текущей установке desktop environment нужный плугин отсутствует или не включен.
По крайней мере мне так кажется.
Ну а дальше сам раскапывай.

Пока открой терминал и найди бинарник хрома:
ls /usr/bin | grep chrome
И до решения проблемы запускай его из терминала руками.
chrome-browser &
А потом:
exit

И про & не забывай.

Иногда ярлыки только что установленных программ появляются после перезапуска рабочего сеанса.

man alacarte.

борщит

И тема плавно переходит к лиспу...

ls /usr/bin | grep chrome

ls /usr/bin/*chrome*

Системы то разные,однако, все ДЕ одинаково смотрят /usr/share/applications