Согласитесь, USE-флаги - сила. Это возможно в source-based пакетных системах с активной программной логикой, причем фактически в самих пакетах. Единственное, что можно слелать, это собрать пакет например локально: configure, make install и там можно подкрутить опции как флаги, но это разрушает систему.
Поэтому, наиболее безопасный путь - сборка пакета ebuild-ом из исходников.
Что написать? Скомпилировать программу и сделать для нее deb пакет ты можешь хоть с какими флагами компилятора. Если про зависимости, то это не компиляция, а сам конфиг .deb пакета, в котором ты явно прописываешь зависимости и их версии. Причем тут генту не очень понятно. Там другая система пакетов, зависимостей иваще.
