как удалить рутовый файл из-под юзера?

меняй права на фаил в скрипте который создает рут

а юзер этот скрипт запускает, и удаляет файл, который там прописан. Как такое сделать?

Так делать не надо. Но если очень хочется, то сделай каталог с правами rwx для группы, в которую добавь своего пользователя и на каталог поставь SGID.

Если каталог принадлежит руту, то ничего не получится. И на скрипты setuid не действует.

Можно попросить рута добавить скрипт (удаляющий файл) в sudoers.

Напиши 2 скрипта. Один запускает юзер и все что делает скрипт -создает файл-флаг. Второй скрипт запускаешь раз в минуту из крона с правами Рут. Если файл флаг есть - выполняешь что нужно от рута (удалить файл).