SSH кричит man-in-the-middle. Как проверить?

Сверь получаемый при коннекте фингерпринт и тот, что действительно на сервере. Скорее всего ты таки что-то апдейтил/переустанавливал/менял адреса и он изменился.

Надо было сразу настроить авторизацию по ключам.

ssh-keygen -l -f /etc/ssh/ssh_host_rsa_key.pub выводит тот же ключ, что и ssh при коннекте. Это значит, что тревога ложная? Но дата у файла ключа - 5 октября, а ругаться начало явно позже.

Скорее всего ты таки что-то апдейтил

Ну, apt-get upgrade делал. А что он мог поменять?

А в known_hosts на твоей машине лежит старый фингерпринт значит. Выкинь его оттуда, никакого MitMа тут нет.

А что он мог поменять?

Посмотри лог апта и чейнджлоги.

1. Сперва надо было на сервере (локально; или если остались ключи сервера)

for f in /etc/ssh/*.pub; do
	echo "Key $f:"
	echo $(ssh-keygen -l -E sha256 -f $f)
	echo $(ssh-keygen -l -E md5 -f $f)
	echo
done

2. проверь /etc/ssh/sshd_config на предмет какие ключи используются