VirtualBox 5.1.12. Если загрузить систему с другим ядром, то заново собираются модули ядра, каждый раз.
Алгоритм, я так понял, такой. VB видит, что под это ядро нет модулей, удалает модули из всех версий ядер и собирает новые только под запущенное ядро. При смене ядра ... на колу висит мочало, начинаем все с начала.
