waiting (ttfb)

Какая загрузка hdd?

sar
Linux 3.10.0-514.2.2.el7.x86_64 (server.ok) 02/23/2017 _x86_64_ (2 CPU)

09:40:01 PM __ CPU __ %user __ %nice __ %system __ %iowait __ %steal __ %idle
09:50:01 PM ___ all ___ 0.13 _____ 0.00 _____ 0.13 _____ 0.05 ____ 0.00 ___ 99.69
Average: _____ all ___ 0.13 _____ 0.00 _____ 0.13 _______0.05 ____ 0.00 ___ 99.69

Если я правильно понял то:
[Tav@server ~]$ df
Filesystem _________1K-blocks__Used____Available__Use% __Mounted on
/dev/mapper/cl-root__52403200 __2163576__50239624__5%______/
devtmpfs_____________1925608_______0______1925608__0%______/dev
tmpfs________________1936256_______0______1936256__0%______/dev/shm
tmpfs________________1936256_____33272____1902984__2%______/run
tmpfs________________1936256________0_____1936256__0%______/sys/fs/cgroup
/dev/sda1____________1038336____187792_____850544__19%_____/boot
/dev/mapper/cl-home__45283736____33152____45250584_1%______/home
/dev/mapper/cl-var__209612800__53587484__156025316_26%_____/var
tmpfs________________387252________0_______387252___0%_____/run/user/1000

на каком участке(nginx-fpm-mariadb) происходит такая длительная задержка

Можно попробовать создать пустой php файлик

<?php phpinfo(); 

Спасибо за ответы. Проверил на info.php ttfb составляет почти 170мс
Обращений по сети быть по идее не должно(лишних), сайтик тестовый. БД на этом же сервере.

Тут такое дело. В настройках my.cnf есть путь до сокета /var/lib/mysql/mysql.sock, но по факту этого файла нет. Но все работает и без ошибок вроде.
И второе, если mysql по этому сокету должен ждать входящее соединение то где надо прописывать этот же сокет для исходящих?!(nginx или fpm)или это не обязательно?

Странно, этого файла /var/lib/mysql/mysql.sock нет, но команда lsof /var/lib/mysql/mysql.sock выдает пользователя mysql.

Проверил на info.php ttfb составляет почти 170мс

Это ты через интернет проверял, или с локалхоста?

В настройках my.cnf есть путь до сокета /var/lib/mysql/mysql.sock, но по факту этого файла нет

php.ini должно содержать собственные настройки, но можно и поправить в my.cnf для порядка

И второе, если mysql по этому сокету должен ждать входящее соединение то где надо прописывать этот же сокет для исходящих?!

Mysql не делает исходящих соединений, ничего не нужно.

Это ты через интернет проверял, или с локалхоста?

Через интернет, но с того же провайдера.

В php.ini тоже дописал этот сокет, ничего не стояло там. Но вроде все также. :(

Как-то все у тебя запутано. Пинг сколько до сервера с машины, с которой мерял ttfb?

C:\Users\Администратор>ping 5.11.73.*

Обмен пакетами с 5.11.73.* по с 32 байтами данных:

Ответ от 5.11.73.*: число байт=32 время=4мс TTL=61

Ответ от 5.11.73.*: число байт=32 время=4мс TTL=61

Ответ от 5.11.73.*: число байт=32 время=4мс TTL=61

Ответ от 5.11.73.*: число байт=32 время=5мс TTL=61

Статистика Ping для 5.11.73.*:

Пакетов: отправлено = 4, получено = 4, потеряно = 0 (0% потерь)

Приблизительное время приема-передачи в мс:

Минимальное = 4мсек, Максимальное = 5 мсек, Среднее = 4 мсек

если на домен пинг кидать то также

Проверил на info.php ttfb составляет почти 170мс

Ок, раз это не пинг, тогда у тебя проблема с настройкой nginx или php, phpinfo() должно выдастся за время, чуть большее пинга.
С mysql соккетом тоже неплохо было бы разобраться, но задержка по большей части не из-за него.

А чисто теоретически может быть проблема в firewalld или selinux

хрен знает, что случилось, но терь info.php отдается за время от 16 до 40 мс

ну правда я переустановил php70w-mysqli на php70w-mysqlnd