Как так?

lsof | grep deleted

пустой выхлоп

Если это ext2/3/4 - то все нормально. Там довольно большой % уходит на хранение списка свободных блоков (это место не безнадежно потеряно, так как оно возвращается для пользователя по мере занятости системы) + есть резерв для рута (пользователя с UID=0) и можно видеть что доступно 0MB но рут сможет еще чтото записать.

в тэге же есть XFS

Не заметил, возможно XFS этому тоже подвержена (возможно даже для нее это более спарведливо я долго сидел на XFS и только последние года 4 на EXT4). Проведите простой тест - создайте не пустой (dd /dev/urandom /file.bin) гдето на гигобайт и посмотрите уменьшится ли расхождение df и du

я уже забыл когда смотрел место на диске сейчас все корни на ssd и то место овердофига, как и оперативы - если не хватает дешевле апгрейд себе устроить чем мозг парить 400метрами

У меня тоже есть разница в 200 мегабайт между df и du на xfs.

df -h
/dev/sdb1           30G         7,6G   23G           26% /

su -c 'du -h -d1 -x /'
7,4G    /