... вопреки тексту man urxvt-eval.
Вот кусок конфига:
URxvt.keysym.M-w: eval:selection_to_clipboard
URxvt.keysym.C-y: eval:paste_clipboard
M-w работает, C-y не работает. Причём если eval:paste_clipboard заменить на что-то рабочее, оно работать будет. clipboard не пуст.