Файл создавался в notapad++ UTF-8 без BOM.
Из вашего примера взял слово «loli» и проверил в некольких онлайн сервисах. Выдает везде:
0b67579a10e1bdf91d85e65414dc38fcab9b973a97ab661a169a0813338ce7bd
vasya 2.0 - теперь единый код для python2 и python3
from hashlib import sha256
from io import open
lines = [sha256(x).hexdigest() for x in open('test.txt','rb').read().splitlines()]
for line in lines:
print(line)