init 6 / shutdown -r / reboot

reboot
Если reboot запущен с флагом --force или текущий уровень запуска 0, то выполняется системный вызов ядра reboot, что незамедлительно перегружает систему, без выполнения каких-либо действий. В противном случае reboot полностью эквивалентен shutdown -r now.

init 6
При запуске init 6 инит отрабатывает все скрипты, соответствующие 6му уровню запуска. Традиционно это останавливает запущенные сервисы (хотя никто и не мешает добавить на этот уровень запуска и команду, которая будет делать что-то ещё).

shudown -r now
Блокирует возможность новых логинов в систему, посылает всем уже залогиненым пользователям сообщение о перезагрузке, после чего выполняет init 6.

Костыль на костыле короч

Не могу не согласиться. Хорошо, что уже 7 лет есть systemctl reboot.

А зачем systemctl? Прекрасно отрабатывает просто reboot.