Как создать docker-образ из своей системы?

Можно, но не нужно. Запаковать в tar c сохранением прав доступа, а потом:

FROM scratch
ADD rootfs.tar.xz /
CMD ["bash"]

А смысла в этом нет, поскольку docker предназначен для контейнеризации приложений, а не системы целиком. Отбирает у системы слишком много capabilities, и systemd не загружается. Это исправляется настройками, но такие настройки не одобряются сообществом.

Если надо поместить в контейнер всю систему, чтобы там systemd запускал все, что надо, то вам нужен не docker, а lxc.

Например, я хочу одни сайты запускать на PHP 5.6, другие на PHP 7.
Придется создавать два образа. Но для создания образа надо брать из репозитория какой-то образ, например Debian9+apache2 и доустанавливать в каждый свою версию php.
А где гарантия, что я не вытяну из репозитория образ с троянами или прочей ненужной мне чепухой?
Так бы поставил систему и с нее слепил свой нужный образ.

Ну так возьми официальный образ дебиана и поставь туда всё, что нужно.

https://hub.docker.com/_/php/

Вот вам образы с похапэ от авторов похапэ

А где гарантия, что я не вытяну из репозитория образ с троянами или прочей ненужной мне чепухой?

Смотрите докерфайл, по которому собран образ.

Похоже на правду. Дома проверю.

Подсунул ему в Dockerfile

debian-8.7.1.iso

invalid reference format

У меня тоже была такая проблема. Решилась чтением документации.

тонко