все это под root
cd /usr/src/linux-x.x.x - переходиш в папку с исходняком ядра (x.x.x - версия ядра)
make mrproper - удоляются старые кофиги и т.п.
make menuconfig( xconfig) - запуск конфигуратора, первый такое консольное меню, в торой под иксы
make dep - это хз
make bzImage - это компилиться твое ядро
make modules - компилятся модули
make modules_install - исталлируются модули( в /lib/modules/x.x.x)
cd /usr/src/linux-x.x.x/arch/i386/boot переходишь сюда
и копируешь от туда скомпилированое ядро т.е. bzImage в /boot, пред копирование можешь переименовать.
далее правишь lilo.conf прописываешь там свое новое скомпилированное ядро и пишешь lilo
вроде все ;)

прочитай HOWTO там все ясно описано

http://www.linux.org.ru/books/HOWTO/Kernel-HOWTO.html