Шаблон для pandoc

чтобы заголовки любого уровня никогда не отрывались от первой строки абзаца

Чтобы бы такое организовать нужно «постараться» очень специально. Я даже не знаю как именно — очень специфическое искусство портить оформление. По умолчанию ничего не отрывается.

а блоки кода всегда помещались на одной странице

Заключить блок кода в разрывный блок текста? Зависит от используемого окружения. И да, я не думаю, что это хорошая идея. Такие вещи обычно добиваются вручную.