Как узнать git-ревизию установленного пакета с версией 9999?

Если заранее её никуда не записывать с помощью хуков в /etc/portage/env - то в общем случае никак. Можно конечно посмотреть какая ревизия хранится в /usr/portage/distfiles/git3-src или /usr/portage/distfiles/egit-src, но это не сработает если distfiles уже были очищены.

зайти в папку куда был клонирован репозиторий и выполнить git info

foobar --version
возможно в выхлопе будет номер ревизии

Универсально работает только в случае с CMake, и то прикручено не всегда.